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Anders als bei der Beinvenenthrombose, die eine lebensbedrohliche Erkrankung darstellt, handelt es sich bei der Analthrombose um ein völlig harmloses aber schmerzhaftes Krankheitsbild. Kleine Venen unter der Analhaut reißen ein; es bildet sich ein bis traubengroßes Blutgerinnsel von düster blauroter Farbe.
Häufig ist die umgebende Haut entzündlich verquollen (Analödem). Bettruhe, entzündungshemmende, abschwellende Cremes und Salben helfen in vielen Fällen; insbesondere wenn eine entzündliche Begleitschwellung vorliegt. Ein kleiner Stich in örtlicher Betäubung durch den sich das schmerzhafte Blutgerinnsel herausdrücken lässt, bringt andererseits rasche Linderung.